|
|
Genetická diverzita afrických plchů rodu \kur{Graphiurus} (Rodentia, Gliridae)
LIŠKOVÁ, Edita
Afričtí plši rodu Graphiurus jsou endemickým rodem pro subsaharskou Afriky. Obývají široké spektrum habitatů od tropických deštných pralesů až po aridní oblasti. Taxonomie rodu Graphiurus ještě zdaleka není definitivní. Doposud je známých 15 druhů. V mé bakalářské práci jsem osekvenovala mitochondriální cytochrom b ze získaného materiálu, většinou z východní a západní Afriky. Vymezení druhů s maximální pravděpodobností a Markovovým řetězcem Monte Carlo odhalily přítomnost 22 molekulárních taxonomických jednotek (MOTU). Fylogenetická analýza založená na bayesiánském závěru statisticky nevyřešila všechny vztahy mezi identifikovanými MOTU. Budoucí studie týkající se taxonomie a fylogenetických vztahů druhů rodu Graphiurus by proto měly zahrnovat více genetických údajů.
|
|
|
Krasová polje východní Hercegoviny z perspektivy ryby rodu Telestes
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkáně patří mezi centra diverzity s vysokým počtem sladkovodních endemických ryb. Hlavním důvodem vysokého stupně endemismu jsou četné paleoklimatické a geologické události, které měly vliv na formování celé oblasti. Toky krasových poljí Dinárské oblasti tvoří specifický ekosystém, kterému se některé druhy ryb přizpůsobily. Polje bývají pravidelně zaplavována, což vede k aktivaci různých podzemních cest a propojení poljí. Tyto ryby tráví část roku v povrchových a část v podzemních vodách a mohou využívat podzemní toky k migraci. Cílem této diplomové práce je zhodnotit genetickou variabilitu dvou endemických druhů ryb rodu Telestes žijících v krasových poljích v oblasti východní Hercegoviny a zjistit přítomnost genového toku mezi jednotlivými populacemi důsledkem spojení podzemních toků. Pro tento účel byla izolována DNA 102 jedinců z pěti různých lokalit. Pro analýzy byl použit mitochondriální marker cytochrom b a 16 mikrosatelitů. Výsledky poukazují na velmi nízkou genetickou variabilitu mezi druhy a populacemi. Analýza mitochondriálního markeru neprokázala propojení populací jednotlivých druhů, s výjimkou možného propojení populace Telestes metohiensis z řeky Mušnica s populací z řeky Zalomka, které sdílely jeden haplotyp. Jednotlivé populace jsou pravděpodobně velmi...
|
|
|
Resistance of Zymoseptoria tritici populations to some active ingredients of fungicides
Raco, Milica
Během různých fází vývoje může být pšenice infikovana mnoha rostlinnými patogeny. Jeden z nejběžnějších je Zymoseptoria tritici, původce choroby nazývané septoriová skvrnitost pšenice (dříve: braničnatka pšenice) s anglickým názvem Septoria Tritici Blotch (STB). Nejčastější strategií při léčbě choroby vyvolané patogenem Z. tritici je ošetření rostlin fungicidy. Bohužel tento rostlinný patogen, stejně jako mnoho jiných, vyvinul rezistenci vůči některým z nejčastěji používaných fungicidních skupin. Cílem této studie bylo zjistit rezistenci Z. tritici k strobilurinovému fungicidu azoxystrobin. V dubnu 2017, zhruba 300 vzorků rostlin bylo odebráno z 11 geografických oblastí v České republice. Z těchto rostlinných vzorků bylo získáno a testováno na přítomnost rezistence 52 monosporických izolátů Z. tritici. Resistence proti fungicidům byla měřena a detekována biotestem a molekulárními metodami jako CAPS marker (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) a qPCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction). Rezistence na azoxystrobin byla potvrzena biotestem u 54% z celkového počtu analyzovaných izolátů. Analýzou CAPS markerů byla přítomnost mutantní alely G143A mitochondriálního genu cytochromu b, spojená s rezistencí ke strobilurinovým fungicidům, potvrzena ve všech vybraných izolátech označených jako rezistentní v biotestu. DNA jednoho infikovaného listového vzorku označeného jako 17Zt212 byla izolována a testována metodou qPCR. V tomuto vzorku (17Zt212) bylo zjištěno, že 4% populace Z. tritici je rezistentní vůči fungicidu azoxystrobinu.
|
|
|
Krasová polje východní Hercegoviny z perspektivy ryby rodu Telestes
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkáně patří mezi centra diverzity s vysokým počtem sladkovodních endemických ryb. Hlavním důvodem vysokého stupně endemismu jsou četné paleoklimatické a geologické události, které měly vliv na formování celé oblasti. Toky krasových poljí Dinárské oblasti tvoří specifický ekosystém, kterému se některé druhy ryb přizpůsobily. Polje bývají pravidelně zaplavována, což vede k aktivaci různých podzemních cest a propojení poljí. Tyto ryby tráví část roku v povrchových a část v podzemních vodách a mohou využívat podzemní toky k migraci. Cílem této diplomové práce je zhodnotit genetickou variabilitu dvou endemických druhů ryb rodu Telestes žijících v krasových poljích v oblasti východní Hercegoviny a zjistit přítomnost genového toku mezi jednotlivými populacemi důsledkem spojení podzemních toků. Pro tento účel byla izolována DNA 102 jedinců z pěti různých lokalit. Pro analýzy byl použit mitochondriální marker cytochrom b a 16 mikrosatelitů. Výsledky poukazují na velmi nízkou genetickou variabilitu mezi druhy a populacemi. Analýza mitochondriálního markeru neprokázala propojení populací jednotlivých druhů, s výjimkou možného propojení populace Telestes metohiensis z řeky Mušnica s populací z řeky Zalomka, které sdílely jeden haplotyp. Jednotlivé populace jsou pravděpodobně velmi...
|
|
|
Evoluční vztahy mezi druhy parem rodu Barbus (Cyprinidae) s důrazem na Řecko a biogeografie řeckých linií
Kyralová, Eva ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Evoluční vztahy mezi druhy rodu Barbus byly studovány již v minulosti, většina studií však byla založena na mitochondriální DNA, neexistuje žádná detailní studie, která by studovala vztahy i na základě nukleárních markerů. Je to dáno především tím, že parmy rodu Barbus jsou tetraploidní. Oblast Řecka nebyla dosud dostatečně studována, a to především oblast západního Řecka, o které se ví, že skrývá daleko vyšší diverzitu sladkovodní ichtyofauny, než bylo dosud známo. Území Řecka je jedním z "horkých míst" (tzv. hotspots) biodiverzity. Řecké říční systémy se vyznačují značným podílem endemických druhů sladkovodních ryb. V této práci byly studovány evoluční vztahy mezi druhy rodu Barbus, s důrazem na diverzitu řeckých linií. Také bylo revidováno geografické rozšíření jednotlivých druhů rodu Barbus v Řecku. Celkem bylo analyzováno 192 jedinců, z čehož bylo 156 jedinců ze 40 řeckých lokalit a dalších 36 jedinců druhů rodu Barbus z dalších oblastí rozšíření. Dataset byl doplněn dostupnými publikovanými sekvencemi. Pro fylogenetické analýzy byl použit mitochondriální gen cytochrom b a nukleární markery 1. intron ribozomálního protein genu S7 a 2. intron genu beta-actinu. Pro oba nukleární markery byly použity paralog-specifické primery. Analýza cytochromu b odhalila několik dobře podpořených linií: 1....
|
|
|
Populační struktura zlatohlávka tmavého Oxythyrea funesta (Poda, 1761) a fylogeneze rodu Oxythyrea Mulsant, 1842
Vondráček, Dominik ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Bezděk, Aleš (oponent)
V rámci rodu Oxythyrea Mulsant, 1842 (Coleoptera: Scarabaeidae) se dnes rozlišuje 11 druhů, které nejsou dále členěny na poddruhy. Diverzita rodu je soustředěna do oblasti Mediteránu, přičemž druh Oxythyrea funesta (Poda, 1761) obývá rozsáhly areál v západním palearktu. V posledních dekádách byl u druhu O. funesta pozorován ústup ze střední Evropy na jih a poté zpětné rekolonizování této oblasti včetně osídlení severnějších regionů. Diplomová práce se zaměřuje na řešení populační struktury druhu O. funesta a částečnou fylogenezi rodu Oxythyrea s pomocí molekulárně genetických metod. V analýzách se objevuje 145 jedinců druhu O. funesta a dále 15 jedinců pěti jiných druhů rodu Oxythyrea. U jedinců byly získány sekvence mitochondriálních genů cytochromoxydázy I (807 bp), cytochromu b (381 bp) a jaderného genu internal transcribed spacer 1 (946 bp). Výsledky fylogenetických analýz potvrdily zatím jedinou existující interpretaci vztahů uvnitř rodu Oxythyrea založené na morfologických datech. Dále byly potvrzeny složité vztahy mezi druhy O. funesta a O. pantherina, které se objevují i v historickém vývojí jejich taxonomie. S pomocí fylogenetických stromů a haplotypových sítí byla odhalena odlišná genetická linie druhu O. funesta na Sicílii, v jižní Itálii a v Tunisku. Haplotypové sítě a tajimův D test poukazují...
|
|
|
Kolonizace ostrovů insektivorními savci
Matějů, Petr ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Kristýna, Kristýna (oponent)
Biologické invaze jsou globálně velmi závažným problémem. Kromě přirozených kolonizací zprostředkovaných například pohybem tektonických desek či vytvořením pevninského mostu, existují i invaze artificiální. Člověk může nevědomě či vědomě přemisťovat druhy napříč ekosystémy. V poslední době se právě kvůli lidské činnosti - obchodnímu styku a turismu - drasticky zvýšila četnost biologických invazí. V minulosti se invazím věnovalo mnoho autorů, ale zabývali se převážně hlodavci. Téma insektivorních savců zůstává zatím relativně málo probádané, přestože tyto druhy mají velmi výrazný impakt na ekosystém. Tato práce se v praktické části zaměřila na ježka východního (Erinaceus roumanicus) a jeho distribuci na ostrovech ve Středozemním moři. Celkem bylo osekvenováno 28 vzorků na kontrolní oblasti mtDNA a porovnáváno s již publikovanými sekvencemi z genové banky. Za pomoci fylogenetických analýz bylo diskutováno: zda jsou invaze recentní a směr přenosu genetické informace. Většina vzorků vykazovala nejbližší haplotypovou příbuznost s jedinci nacházejícími se na nejbližší pevnině. Trendu neodpovídaly jedině vzorky z ostrova Skyros, které se jevily velmi blízce přibuzné vzorkům z Kréty.
|
|
|
Genetická diverzita lipana podhorního (Thymallus thymallus) a její vztah ke stavu jeho populací v ČR
HAVELKA, Miloš
Cílem této práce je posouzení genetické diverzity lipana podhorního (Thymallus thymallus). Ze 147 vzorků z celkem 21 populací byla osekvenována část mitochondriální DNA, a to fargment pro D-loop o délce 1083 párů bází a fragment pro cytochrom b o délce 1076 párů bází. Populace byly vzorkovány na území České republiky, Slovenska a Bosny. Bylo odhaleno celkem 17 haplotypů s průměrnou hodnotou haplotypové diverzity Hd = 0,5480 a s hodnotami genetické vzdálenosti (FST) v rozsahu od 0,001 do 0,9341. Nejčetněji byl zastoupen haplotyp TH1, a to u 92 jedinců. Odvozený vnitrodruhový fylogenetický strom odhalil tři dobře oddělené skupiny. Jedna skupina byla reprezentována dunajskými haplotypy ze Slovenska. Druhá vysoce divergentní skupina obsahovala jedince z řeky Vrbas v Bosně a poslední největší skupina zahrnovala haplotypy ze všech tří povodí na našem území. Předpokládáme, že získané výsledky budou později aplikovány pro vhodnou volbu ochranářských strategií, které povedou k ustálení stavů původních populací tohoto stále vzácnějšího druhu na našem území.
|
host ::
RSS.